siRNA的設(shè)計(jì)
1. 在設(shè)計(jì)RNAi 實(shí)驗(yàn)時(shí)，可以先在以下網(wǎng)站進(jìn)行目標(biāo)序列的篩選：
http://www.ambion.com/techlib/misc/siRNA_finder.html
http://www.ic.sunysb.edu/Stu/shilin/rnai.html
http://design.dharmacon.com/rnadesign/default.aspx?SID=45358710
2.RNAi 目標(biāo)序列的選取原則：
(1) 從轉(zhuǎn)錄本（mRNA ）的AUG 起始密碼開(kāi)始，尋找“AA” 二連序列，并記下其3' 端的19 個(gè)堿基序列，作為潛在的siRNA 靶位點(diǎn)。有研究結(jié)果顯示GC 含量在45%—55% 左右的siRNA 要比那些GC 含量偏高的更為有效。
Tuschl 等建議在設(shè)計(jì)siRNA 時(shí)不要針對(duì)5' 和3' 端的非編碼區(qū)（untranslated regions ，UTRs) ，原因是這些地方有豐富的調(diào)控蛋白結(jié)合區(qū)域，而這些UTR 結(jié)合蛋白或者翻譯起始復(fù)合物可能會(huì)影響siRNP 核酸內(nèi)切酶復(fù)合物結(jié)合mRNA 從而影響siRNA 的效果。
(2) 將潛在的序列和相應(yīng)的基因組數(shù)據(jù)庫(kù)（人，或者小鼠，大鼠等等）進(jìn)行比較，排除那些和其他編碼序列/EST 同源的序列。
例如使用BLAST （ www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ ）
(3) 選出合適的目標(biāo)序列進(jìn)行合成。通常一個(gè)基因需要設(shè)計(jì)多個(gè)靶序列的siRNA ，以找到最有效的siRNA 序列。
3. 陰性對(duì)照
一個(gè)完整的siRNA 實(shí)驗(yàn)應(yīng)該有陰性對(duì)照，作為陰性對(duì)照的siRNA 應(yīng)該和選中的siRNA 序列有相同的組成，但是和mRNA 沒(méi)有明顯的同源性。通常的做法是將選中的siRNA 序列打亂，同樣要檢查結(jié)果以保證它和目的靶細(xì)胞中其他基因沒(méi)有同源性。
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