生物體內外的正常菌群
生活在健康動物各部位、數量大、且種類穩定，在一般狀態下發揮有益作用的微生物種群，就是生物體內外的正常菌群。一般情況下，正常菌群之間，正常菌群與宿主之間，以及正常菌群與周圍其他因子之間，存在著和諧的平衡狀態，構成了一個平衡的微生態系統。
在1977年，德國Volker Rush 提出微生態學的概念，其目的在于從細胞和分子水平上研究微觀層次上的生態學規律，包括：
研究正常菌群的本質及其宿主間的相互關系；
闡明微生態平衡與失調的機制；
指導微生態制劑的研制，以用于調整人體的微生態平衡。
在人體中，共有五大微生態系統：消化道、呼吸道、泌尿生殖道、口腔和皮膚。
在一定條件下，正常菌群的微生態平衡是可變的，這就是正常菌群失調，比如宿主防御功能出現變化時，原先不致病的正常菌群的某些菌，可能發生轉移或大量繁殖，進而引起疾病。（這里引申出微生態制劑的概念，暫不贅述）目前，在癌癥研究領域，也有很多學者聚焦于微生態系統，有興趣可查閱相關資料。
其它菌群相關概念
無菌動物（germ-free animal）：指在生物體內外不存在任何正常菌群的動物。
悉生生物（gnotobiota）：經過人為給無菌動物或植物接種上某種或某些已知純種微生物的生物。
根際微生物（rhizosphere microorganisms）：生活在根系鄰近土壤、依賴根系分泌物、外滲物和脫落細胞而生長，一般對植物發揮有益作用的正常菌群。
附生微生物（epibiotic microorganisms；epibiont）：生活在植物地上部分表面，主要借助植物外滲物質或分泌物質為營養的微生物。
