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呼吸道標本分離株的分級和思考——以痰標本腦膜炎奈瑟菌為例
發布日期:2026-03-04 16:20:49


呼吸道標本分離株的分級和思考——以痰標本腦膜炎奈瑟菌為例


微生物學工作者在工作之前需要先知曉某感染病或某臨床綜合征或某臨床表現下的病原譜(Pathogen spectrum)、工作指南,這就和醫生在工作之前需要先知曉將要面對的疾病譜、臨床實踐指南一樣,是一個道理。肺炎領域的病原譜,大家可以自行總結,最好也是有自行總結、經歷一次自行總結——因為這樣才“真正是自己的”。建議看PPID9、胡必杰教授翻譯的哈里森感染病學、熱病53、CAP和HAP指南與共識、UpToDate中肺炎部分等,中文書籍如剛剛出版的《肺炎的基礎與實踐》、王輝老師的《臨床微生物學檢驗》等。如果想簡單、快速又比較準確地有一個了解,推薦:


⑴ASM/IDSA微生物學指引[1]

⑵不贅冒昧,是我們的一個總結[2],目前已經第二版。二者對肺炎的病原譜都有明確的總結匯總。這里可以看到痰/呼吸道分泌物/呼吸道標本,肺炎病原譜中,病原的第一級階、第二級階名錄。即:


肺炎第一級階病原:絕對的經典的病原微生物。如結核分枝桿菌:發現即異常,可以潛伏另論。鼠疫耶爾森菌:發現即異常,可以潛伏另論。如SARS-CoV-1:發現即異常,可以潛伏另論。如HIV(當然這里不是僅僅針對肺炎):發現即異常,可以潛伏另論。


說明:“級階”是我們造了一個詞匯。因為微生物學、感染病、傳染性的分類很多。為了避免和其他分類混淆,我們沒有用第一類、第一種、第一群、第一組、第一級等常用表達。百度可見,級階在社會學、地理學、電子游戲領域有應用。一般性語言環境、生物學語言環境,沒有這個詞。本文一般行文,“級階”這個詞都是指我們自己定義界定的內涵和范圍,而非一般性語言表達。


肺炎第二級階病原:機會病原,條件致病微生物。如肺炎克雷伯菌、肺炎鏈球菌等。構成比最大,是機會性、條件性。


回到提問,顯然Nme不屬于二者。既不是肺炎的經典病原,也不是肺炎的機會致病菌。我們看下一步,數據源是PubMed和萬方數據。


在PubMed檢索(2024.7.12)"Neisseria meningitidis"[Title] AND pneumonia[Title],有24條。有關Nme肺炎的信息,最新是2022年[3],最早是1974年[4]。還有一例健康人Nme肺炎[5],一例Nme肺炎伴菌血癥且無腦膜炎——不典型表現[6]。在萬方數據檢索(2024.7.12):題名:腦膜炎奈瑟菌 AND 肺炎,有3條;題名:腦膜炎奈瑟菌 AND 呼吸道感染,有2條。這些都不是Nme肺炎。這些信息告訴我們:


⑴Nme可以導致肺炎。

⑵到2022年還有病例報道,和不是病原譜成員的地位,是一致的。

⑶如果確診了Nme肺炎,可以發中文(也許是中文第一篇)、英文病例報告。


這樣,我們明確了第三級階、第四級階。


肺炎第三級階病原:非病原譜成員,但有2例或以上病例報道,且病原學診斷成立。


肺炎第四級階病原:非病原譜成員,沒有病例報道,或僅有1例病例報道,或相關報道的病原學診斷存疑。中間1例這個,所謂孤證不立。我們知道這不是科學觀念,但我們還是要存疑。

說明:有多個病例報告,只是說明了可以引起,但不意味著必然引起。連第二級階微生物,都不是必然。


再次回到提問,痰的分離株報不報?回答:

⑴純培養,報。注意,純培養極其罕見。

⑵涂片見到吞噬,確定吞噬即Nme,且吞噬比例超過5%,報

⑶胸水有分離株,報

⑷血液有分離株,報

⑸腦脊液有分離株,報

⑹BALF超過4次方,報 ;保護性標本刷超過3次方,報;肺組織超過閾值,報

⑺患者免疫受損,且Nme生長量超過了正常菌群(甲鏈、耐瑟、CNS、念珠菌等),報

⑻重癥肺炎且持續加重,且Nme生長量超過了正常菌群(甲鏈、耐瑟、CNS、念珠菌等),報

⑼理論上可以進行,如果血液中有針對Nme的IgM抗體,特異性效應細胞,則報。

⑽痰mNGS顯示有,臨床提問,可以告訴臨床有;不過不一定報。


注意:⑶-⑹的報,都是說痰分離株,別的都是。報是供臨床參考,不意味著是病原。也別忘了本文最開始的前提。


Ok,上面把分離株分為四個級階,并初步回答了問題。這個思路,顯然不限于Nme。所有呼吸道標本分離株,包括mNGS報的那些千奇百怪的微生物,都可以。等你實踐!歡迎反饋!


▼ 一、引申之一,實驗室報了,臨床怎么辦?

⑴如果免疫低下,或重癥表現,或進行性加重/緩解不符合預期,且之前沒有覆蓋Nme,則需要覆蓋。

⑵積極尋找第二條病原學證據。也是因為,孤證不立。

⑶如果多個可信證據均指向了Nme,可以確診。考慮發表病例報告。

⑷如果進一步證據明確了其他病原,則停止覆蓋Nme。

⑸如果進一步證據既不能肯定,也不能肯定,則繼續目前治療——覆蓋了,則繼續覆蓋;沒有覆蓋,則可以不覆蓋。除非有新的變化進展,重新整合考慮。

上面報不報的回答里,大多數還是支持確定診斷的。尤其是⑴⑵⑶⑹⑼ 如果遇到,恭喜你!可以發中文或英文病例報告!


▼ 二、引申之二,Nme是腦膜炎經典病原。但引起肺炎卻很少,那它怎么到的中樞呢?

一篇綜述[7]提到:

⑴通過氣溶膠和接觸傳播

⑵上呼吸道有癥狀

⑶主要通過血液/淋巴液進入中樞;部分經過篩骨的篩板進入。

⑷早期表現:發燒、頭痛、惡心、嘔吐、嚴重肌痛、非特異性皮疹、喉嚨痛和其他上呼吸道癥狀。后期表現:頸部僵硬、畏光、瘀點或出血性皮疹、精神狀態改變、休克、膚色異常、暴發性紫癜,甚至彌散性血管內凝血。沒有肺部的特征性表現(如濕羅音等)。

推測,Nme不經過肺部入血。在上呼吸道直接入血,進而到中樞;或通過篩骨直接進入中樞。醬紫!不知道是不是確切。求方家教正!


▼ 三、引申之三,上面檢索PubMed,有遺漏

臨床角度:需要加lower respiratory tract infection才比較完整。進一步加AECOPD和AECB和AECF,才圓滿。


微生物角度:需要加meningococcal[8]和meningococcus[9],才圓滿。等待有識之士,作進一步總結!


▼ 四、引申之四,上面所謂“肺炎第一級階病原:絕對的經典的病原微生物”,是一種語言表達的無奈。

因為對此,英語世界并沒有統一的能和機會病原明確相區別的并列的專有名詞、學術表達。PubMed里有經典病原(classical pathogens,classic pathogens)、專性病原(obligate pathogens)等說法,但細看文獻,和我們的意思各不一樣。是不是很奇怪!下面是不加任何條件的PubMed檢索結果。


⑴"classic pathogens":20條

⑵"classical pathogens":30條

⑶"obligate pathogens":95條

⑷"Statutory pathogens":0條

⑸"notifiable pathogens":11條

⑹"legal pathogens":0條

⑺"rightful pathogens":0條


北大一院黃磊教授提示,是否是高致病性微生物(high pathogenicity microorganism)。需要注意,這個詞匯,不是字面意思。它包括了發病率,就是概率。類似風險(risk)這個詞,是危害+概率的綜合體。國家界定微生物如下。



其中第一類、第二類是高致病性微生物學。但第三類的甲肝、乙肝,也是我們說的“絕對的經典的病原微生物”。換句話說,上面引用的界定,其實很大程度上兼顧了流行病學(當然前提是對人、動物或環境構成嚴重危害或引起嚴重疾病,這沒問題)。這和我們單純從臨床角度(比如臨床診斷)看,顯然不一樣。由此,我們才有“奇怪“的感慨!


▼ 五、引申之五,機會病原概念的狹義與廣義。

忽發奇想。我們之前理解機會病原,都是正常定植微生物,環境里一般的微生物(即,不是第一級階、也不是第四級階)。但,我們知道,免疫受損患者,第一級階(就是絕對的經典的微生物)的感染率也升高了。如結核分枝桿菌。那么,比起正常健康人群的感染率,這升高的部分,不也是機會感染嘛!由此,似乎,機會病原可以分為狹義廣義:


⑴狹義:正常定植微生物,環境里一般的微生物(即,不是第一級階、也不是第四級階)。

⑵廣義:狹義加第一級階。


而且,就是第二級階、第三級階,健康人群、免疫受損人群的感染率也不一樣。后者增加的這一部分,該如何命名?O(∩_∩)O

(此處引申之五,是我們思考所及,邏輯推導。目前主流的概念范疇還沒有這樣的擴展,歡迎討論)


廉頗老矣,也要恰飯!歡迎大家批評反饋!


▼ 六、引申之六,后續討論。

上面信息形成后,發給好友們把關。陜西寶雞鄧衛寧老師留言:其實痰里的Nme是不是病原,分析方法跟血液里面的表葡是不是病原,分析方法是一樣的。表葡一定是污染嗎?痤瘡丙酸桿菌一定是污染嗎?非也。微生物有絕對的病原,沒有絕對的不是病原。都要根據具體情況而定,報還是不報。這也是微生物很難的一個地方。這個現象其實很普遍,就像隨著mNGS和tNGS在臨床的廣泛應用,少見或罕見的菌越來越多,而這些菌的臨床報道又很少,在一個標本當中致不致病,要不要報給臨床,思路是一樣的。


寧:方法和分類思路確實有些類似。但菌血癥時,血液標本培養病原譜包括表皮葡萄球菌、凝固酶陰性葡萄球菌。而肺炎時,痰液標本培養病原譜不包括Nme。這還是有細微區別。


這意味著,血液培養里凝固酶陰性葡萄球菌一定要匯報,怎么分析是后面的事。大概率是皮膚定植導致污染,人所共知。但不能不報。


而痰里面Nme,是可以不報的。看前面10條,都是有條件的。不符合這些條件,就可以不報。第十條直接說了可以不報。這里涉及標本的不同(一個是低概率的污染標本;一個必然污染標本。標本地位不一樣,血液是確診水平標本,痰只是極似診斷層面標本)、菌種不同。不能精確比較。


鄧老師:其實單核細胞增生李斯特菌跟這個Nme類似。

寧:記得單李是病原譜成員。查一下……查了我們自己的匯總和ASM/IDSA指南,免疫受損患者病原譜,都列了單李。


但PubMed里確實病例少。檢索"Listeria monocytogenes"[Title] AND pneumonia[Title]才7條。分布的時間范圍是1981-2015。竟然比Nme少。這也很奇怪。其實應該深入追究一下。Nme不是病原譜成員,檢索的病例不少于是病原譜成員的單李——這究竟意味著什么?是檢索偏倚,導致的假象?還是單李對于成人,毒性大于Nme?還是有其他統計數據顯示?嗜肺性不一樣?時間精力有限,暫不深究。 


參考文獻(上下滑動)


[1] Miller JM, Binnicker MJ, Campbell S, Carroll KC, Chapin KC, Gonzalez MD, Harrington A, Jerris RC, Kehl SC, Leal SM Jr, Patel R, Pritt BS, Richter SS, Robinson-Dunn B, Snyder JW, Telford S 3rd, Theel ES, Thomson RB Jr, Weinstein MP, Yao JD. Guide to Utilization of the Microbiology Laboratory for Diagnosis of Infectious Diseases: 2024 Update by the Infectious Diseases Society of America (IDSA) and the American Society for Microbiology (ASM). Clin Infect Dis. 2024 Mar 5:ciae104. doi: 10.1093/cid/ciae104. Epub ahead of print. PMID: 38442248.

[2] 寧永忠,白志宇,王輝. 成人肺炎的病原學檢查和病原譜[J]. 中華檢驗醫學雜志,2021,44(2):175-178. DOI:10.3760/cma.j.cn114452-20200907-00716.

[3] Kojima H, Nakamura-Uchiyama F, Ariyoshi T, Kosaka A, Washino T, Sakamoto N, Iwabuchi S, Makino J. Non-serogroupable Neisseria meningitidis pneumonia in an immunocompetent patient with severe COVID-19 pneumonia: A case report. IDCases. 2022 Dec 1;31:e01656. doi: 10.1016/j.idcr.2022.e01656. PMID: 36505907; PMCID: PMC9732397.

[4] Jacobs SA, Norden CW. Pneumonia caused by Neisseria meningitidis. JAMA. 1974 Jan 7;227(1):67-8. PMID: 4202685.

[5] Naya Manchado J, Sanjuan Portugal F, Gascón Pelegrín JM. Neumonía extrahospitalaria por Neisseria meningitidis en un adulto sano [Community-acquired pneumonia due to Neisseria meningitidis in a healthy adult]. Arch Bronconeumol. 1994 Mar;30(3):175. Spanish. PMID: 8186915.

[6]Mahmoud FM, Harhara T. Neisseria meningitidis pneumonia with bacteremia without meningitis: An atypical presentation. IDCases. 2020 Jul 3;21:e00897. doi: 10.1016/j.idcr.2020.e00897. PMID: 32685370; PMCID: PMC7333626.

[7] Nguyen N, Ashong D. Meningococcal Disease (Neisseria meningitidis Infection). 2024 Feb 27. In: StatPearls [Internet]. Treasure Island (FL): StatPearls Publishing; 2024 Jan–. PMID: 31751039.

[8] Ootaki M, Tabeta H, Suzuki Y. [Bilateral meningococcal pneumonia in a young Japanese woman]. Nihon Kyobu Shikkan Gakkai Zasshi. 1996 Oct;34(10):1121-4. Japanese. PMID: 8953907.

[9] Arrate C, Jiménez ML, Aguilar R, González A, Ancochea J. Neumonía cavitada por meningococo [Cavitated lung pneumonia due to meningococcus]. An Med Interna. 1994 Feb;11(2):86-8. Spanish. PMID: 8193241.